Á eftir Lissabon og Porto er Coimbra ein mikilvægasta borg Portúgals. Hún gegndi lykilhlutverki sem höfuðborg Mið-Portúgals. Coimbra státar af áhugaverðum fornleifum sem rekja má til rómverskrar borgar, þekkt sem Aeminium. Það var ekki fyrr en síðar sem borgin stækkaði verulega og fékk nafnið Conímbriga, sem er í nágrenninu.
Coimbra var sigrað frá Márum árið 878, en öld síðar féll borgin aftur í hendur Mára. Borgin var loksins frelsuð árið 1064 af Ferdinand mikla af Kastilíu. Þegar Afonso Henriques, fyrsti portúgalski konungurinn, ákvað að flytja höfuðborgina frá Guimarães til suðurs árið 1139, var Coimbra valið. Coimbra var höfuðborg Portúgals frá 1139 til 1260 og þróaðist fljótt í mikilvæga menningarmiðstöð. Þetta var að miklu leyti þökk sé háskólanum þar, sem stofnaður var árið 1290, einum þeim elsta í Evrópu. Háskólinn var upphaflega stofnaður í Lissabon en flutti til Coimbra árið 1537 og er til húsa í fyrrum höll Afonso konungs. Borgin er einnig fæðingarstaður sex konunga. Borgin státar af mörgum mikilvægum minnismerkjum frá þeim tíma og síðar, og stórkostlegar byggingar hennar, sem eru djúpar í sögu, laða að ferðamenn frá öllum heimshornum.
