Po Lisabonos ir Porto, Koimbra yra vienas svarbiausių Portugalijos miestų. Ji atliko gyvybiškai svarbų vaidmenį kaip Centrinės Portugalijos sostinė. Koimbra gali pasigirti įdomiais archeologiniais radiniais, datuojamais iš laikų, kai ji buvo romėnų miestas, žinomas kaip Aeminium. Tik vėliau miestas gerokai išsiplėtė ir gavo netoliese esančios Konimbrigos pavadinimą.
Koimbra buvo užkariauta iš maurų 878 m., tačiau po šimtmečio miestas vėl pateko į maurų rankas. Galiausiai miestą 1064 m. išlaisvino Kastilijos Ferdinandas Didysis. Kai 1139 m. pirmasis Portugalijos karalius Alfonsas Henrikas nusprendė perkelti sostinę iš Gimarainso į pietus, buvo pasirinkta Koimbra. Koimbra buvo Portugalijos sostinė nuo 1139 iki 1260 m. ir greitai tapo svarbiu kultūros centru. Tai daugiausia lėmė 1290 m. įkurtas jos universitetas, vienas seniausių Europoje. Iš pradžių įkurtas Lisabonoje, universitetas 1537 m. persikėlė į Koimbrą ir yra įsikūręs buvusiuose karaliaus Alfonso rūmuose. Miestas taip pat yra šešių karalių gimtinė. Miestas gali pasigirti daugybe svarbių to laikotarpio ir vėlesnių paminklų, o jo monumentalūs pastatai, persmelkti istorijos, pritraukia turistus iš viso pasaulio.
